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Scientia Marina está indizada en Web of Science: Journal Citation Reports (JCR), Science Citation Index Expanded (SCI), Current Contents - Agriculture, Biology & Environmental Sciences, Zoological Record and BIOSIS Previews; SCOPUS, CWTS Leiden Ranking (Journal indicators) Core publication, AFEE Abstracts (SWRA), Agris, Aqualine, Aquatic Sciences and Fisheries Abstracts, Arevicien, Biological Abstracts, Chemical Abstracts, Fish & Fisheries Worldwide, J-Gate, Marine Sciences Contents Tables, Oceanic Abstracts, Oceanographic Literature Review, Pollution Abstracts, Referetivni Zhurnal, Research Alert, SciSearch y Selected Water Resources, REDIB, DOAJ, Dialnet, Sherpa Romeo e ÍnDICEs CSIC. Está incluida en el Catálogo Latindex 2.0 y cuenta con el Sello de Calidad de la FECYT. Ha sido distinguida con el "Sello de Reconocimiento como Proveedor Activo de Datos del Año 2026” por la Organización de las Naciones Unidas para la Alimentación y la Agricultura (FAO).